Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit mempunyai tugas merumuskan serta melaksanakan kebijakan di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Berdasarkan Permenkes 64 Tahun 2015, pasal 263 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 262, Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit menyelenggarakan fungsi:

• perumusan kebijakan di bidang surveilans epidemiologi dan karantina, pencegahan dan pengendalian penyakit menular, penyakit tular vektor, penyakit zoonotik, dan penyakit tidak menular, serta upaya kesehatan jiwa dan Narkotika, Psikotropika, dan Zat adiktif lainnya (NAPZA);
• pelaksanaan kebijakan di bidang surveilans epidemiologi dan karantina, pencegahan dan pengendalian penyakit menular, penyakit tular vektor, penyakit zoonotik, dan penyakit tidak menular, serta upaya kesehatan jiwa dan Narkotika, Psikotropika, dan Zat adiktif lainnya (NAPZA);
• penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang surveilans epidemiologi dan karantina, pencegahan dan pengendalian penyakit menular, penyakit tular vektor, penyakit zoonotik, dan penyakit tidak menular, serta upaya kesehatan jiwa dan Narkotika, Psikotropika, dan Zat adiktif lainnya (NAPZA);
• pelaksanaan administrasi Direktorat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit; dan
• pelaksanaan fungsi lain yang diberikan Menteri.