Program berikut merupakan upaya peningkatan pengendalian penyakit yang sesuai dengan RPJMN 2020-2024 yaitu pada penyakit jantung, stroke, hipertensi, diabetes, kanker, tuberkulosis, malaria, HIV/AIDS, emerging diseases, penyakit yang berpotensi menimbulkan kejadian luar biasa, penyakit tropis terabaikan (kusta, filariasis, schistosomiasis), gangguan jiwa, cedera, gangguan penglihatan, dan penyakit gigi dan mulut.