Pada pilar ketiga dari transformasi kesehatan Indonesia, Transformasi Sistem Ketahanan Kesehatan memegang peran penting untuk mempertahankan sistem kesehatan yang baik ditengah ancaman kesehatan global. Hal ini juga mencakup mencakup pembuatana atau produksi hingga distribusi farmalkes yang lancar dan bisa diproduksi di dalam negeri.
Apabila dilihat lebih jauh, cakupan Transformasi Sistem Ketahanan Kesehatan juga meliputi: