Inspektorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pengawasan intern di Kementerian Kesehatan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Berdasarkan Permenkes 64 Tahun 2015, pasal 624 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 623, Inspektorat Jenderal menyelenggarakan fungsi :

• penyusunan kebijakan teknis pengawasan intern di lingkungan Kementerian Kesehatan;
• pelaksanaan pengawasan intern di lingkungan Kementerian Kesehatan terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya;
• pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan Menteri;
• penyusunan laporan hasil pegawasan di lingkungan Kementerian Kesehatan;
• pelaksanaan administrasi Inspektorat Jenderal; dan
• pelaksanaan fungsi lain yang di berikan oleh Menteri.