Dari laboratorium kesehatan, sekretariat direktorat jenderal, hingga promosi kesehatan dan kesehatan komunitas, perjalanan karier Niken Wastu Palupi mencakup beragam peran di lingkungan Kementerian Kesehatan. Ia menjabat sebagai Kepala Balai Besar Laboratorium Kesehatan Jakarta pada Juli 2018–September 2022, kemudian dipercaya sebagai Sekretaris Direktorat Jenderal Kesehatan Primer dan Komunitas pada September 2022–Januari 2026. Sejak Januari 2026, ia mengemban amanah sebagai Direktur Promosi Kesehatan dan Kesehatan Komunitas. Niken merupakan lulusan S2 Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia. Motto “Keputusan bijak, hasil yang bermanfaat” menjadi prinsip yang menyertai perjalanan profesionalnya.