Direktorat Jenderal Kefarmasian dan Alat Kesehatan mempunyai tugas merumuskan serta melaksanakan di bidang kefarmasian dan alat kesehatan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Berdasarkan Permenkes 64 Tahun 2015, pasal 505 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 504, Direktorat Jenderal Kefarmasian dan Alat Kesehatan menyelenggarakan fungsi :

• perumusan kebijakan di bidang produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan rumah tangga, tata kelola perbekalan kesehatan, dan pelayanan kefarmasian;
• pelaksanaan kebijakan di bidang produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan rumah tangga, tata kelola perbekalan kesehatan, dan pelayanan kefarmasian;
• penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan rumah tangga, tata kelola perbekalan kesehatan, dan pelayanan kefarmasian
• pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan rumah tangga, tata kelola perbekalan kesehatan, dan pelayanan kefarmasian;
• pelaksanaan evaluasi dan pelaporan di bidang produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan rumah tangga, tata kelola perbekalan kesehatan, dan pelayanan kefarmasian;
• pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal Kefarmasian dan Alat Kesehatan; dan
• pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.